La notifica delle malattie infettive rappresenta la fonte informativa più rilevante per monitorare l'incidenza di queste malattie. L'ultima importante revisione del sistema nazionale di notifica è stata attuata con il decreto ministeriale 15 dicembre 1990 "Sistema informativo delle malattie infettive" che individua le malattie soggette a notifica obbligatoria e le modalità di notifica.

Allo stesso tempo sono stati via via istituiti sistemi di sorveglianza dedicati a specifiche malattie per le quali si è resa necessaria la raccolta tempestiva e dettagliata di informazioni, come la legionellosi, le meningiti batteriche, le epatiti virali acute, l’influenza, la TBC, le tossinfezioni alimentari, le paralisi flaccide, la malattia di Creutzfeld Jacob, l’Haemophilus influenzae.

Una sorveglianza efficace non può essere limitata all'ambito regionale o nazionale: il Parlamento ed il Consiglio europeo hanno deliberato con decisione n. 2119 del 24 settembre 1998 la costituzione di una rete di sorveglianza comunitaria finalizzata al controllo epidemiologico delle malattie trasmissibili e all‘istituzione di un sistema di allarme rapido per scambiarsi informazioni su eventi che possono richiedere provvedimenti urgenti per la tutela della salute pubblica.

La Regione Toscana predispone un aggiornamento epidemiologico annuale sulle malattie infettive che contiene una sintesi delle notifiche delle malattie infettive di classe I, II, III, IV e V segnalate dalle Aziende sanitarie toscane. La Regione Toscana è affiancata dall’Agenzia regionale di sanità della Toscana nell’attività di analisi epidemiologica dei dati delle malattie infettive soggette a notifica obbligatoria.