Il Registro di mortalità regionale è stato istituito nel 1986 (delibera di Giunta regionale 24 novembre 1986 n. 11409) ed è attivo dal 1987. La gestione del RMR è stata affidata alla U.O. Epidemiologia ambientale-occupazionale dell´Istituto per lo Studio e la Prevenzione Oncologica (ISPO).
Dal 1987 raccoglie, codifica e archivia le schede di morte ISTAT nominative relative a tutti i decessi occorsi in Toscana, recuperando le informazioni sui decessi di toscani occorsi fuori regione.
La causa di morte è codificata secondo criteri internazionali standard (ICDIX Classificazione Internazionale delle Malattie).