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Il Registro raccoglie dall´inizio dell´epidemia (1985) tutte le segnalazioni di casi di AIDS in Toscana (residenti e non, e per i primi anche le notifiche avvenute fuori regione).
L´AIDS rientra nell´ambito delle patologie infettive di classe III (decreto ministeriale 15 dicembre 1990), ovvero è sottoposta a notifica speciale mediante la compilazione di un´apposita scheda.
I criteri di diagnosi sono stati, fino al 31 dicembre 1992, quelli della definizione dell´OMS/CDC, mentre, a partire dal 1 gennaio 1993, la definizione di caso adottata in Italia si attiene alle indicazioni del Centro europeo dell´OMS.

Da aprile 2010 è attivo il sistema di sorveglianza regionale delle nuove diagnosi di infezione da HIV che, a seguito dell´introduzione dell´infezione da HIV all´elenco della classe III delle malattie infettive sottoposte a notifica obbligatoria (decreto ministeriale 31 marzo 2008), permette la segnalazione dei soggetti sieropositivi.

Il Registro di mortalità regionale è stato istituito nel 1986 (delibera di Giunta regionale 24 novembre 1986 n. 11409) ed è attivo dal 1987. La gestione del RMR è stata affidata alla U.O. Epidemiologia ambientale-occupazionale dell´Istituto per lo Studio e la Prevenzione Oncologica (ISPO).
Dal 1987 raccoglie, codifica e archivia le schede di morte ISTAT nominative relative a tutti i decessi occorsi in Toscana, recuperando le informazioni sui decessi di toscani occorsi fuori regione.
La causa di morte è codificata secondo criteri internazionali standard (ICDIX Classificazione Internazionale delle Malattie).